Mei no Naisho pyörii nimihahmo Mei Harunan, naisellisen nuoren pojan, jota noita-äitinsä kasvatti tytönä, ja ajatteli itsensä aina naiseksi. Hänen äitinsä oli ainoa perhe, jolla hänellä oli, joten hänen kuolemansa jälkeen hän siirtyy kaikkien tyttöjen lukioon ja tulee asumaan koulun asuntolaan puhuvan tutun kissan Abelin ja huonetoverinsa Fuuka Honjoun kanssa, joka on myös julkisen moraalin komitea. Pian kouluun saapumisen jälkeen hänen uudet ystävänsä huomaavat maagisen esityksen jälkeen makuusalin yhteisökylpylässä, että hän on todella mies, vaikka tämä onkin hänelle järkytys huolimatta siitä, että hän on tietoinen fyysisistä eroista hänen ja normaalien tyttöjen välillä. Huolimatta siitä, että hänet on saatu selville ja vääristyneen oppilasneuvoston puheenjohtajan hyödyllisen väliintulon jälkeen, koulun rehtori päättää, että hän voi jäädä kouluun. Seuraavana päivänä Mei tulee kouluun Fuukan kanssa ja pyytää anteeksi piilottamistaan siitä, että hän oli noita, ja kertoo muille, kuinka hän on ilmeisesti mies. Muut opiskelijat hyväksyvät hänet nopeasti omaksi, ja he ovat vaikuttuneita siitä, kuinka hän voi käyttää taikuutta.
