Kuolleiden lukio on asetettu nykypäivän Japaniin, joka alkaa siitä, kun planeetta kärsii kohtalokkaasta pandemiasta, joka muuttaa ihmiset zombeiksi, joita eufemistisesti kutsutaan päähahmoista "Heiksi" (?? Yatsura?).
Tarina seuraa useita lukiolaisia (samoin kuin yliopiston sairaanhoitaja), kun he selviytyvät maailmanlaajuisen katastrofaalisen tapahtuman, jota kutsutaan "puhkeamiseksi". Heidän on kohdattava myös sosiaalisen kaatumisen uudet riskit, vaarallisten eloonjääneiden tapaan, ja heidän erityisten moraalikoodiensa mahdollinen rappeutuminen, kun valetut yritykset selviytyä zombien maailmanloppusta. Korkeakoulusta alkaen oppilaat pakenevat kaupunkiin kaupunkiin, jossa heidän on selviydyttävä hänen oppilaistaan ja saastuneesta opettajasta. He hankkivat koiran ja pienen tytön ja arvioivat perheensä eloonjääneitä taloissaan. Jälkeenpäin he vihdoin pääsevät peruskouluun, joka on väitetysti turvallinen alue, käyvät poliisiaseman läpi ja viimeiset kauppakeskuksessa.
